Rosnący w potęgę biskup wrocławski włączył się w 1299 r. w konflikt pomiędzy Henrykiem Głogowczykiem a jego bratem Konradem Garbatym. Jan wystąpił w obronie swego byłego kontrkandydata do tronu biskupiego, któremu książę Henryk nie chciał zwrócić księstwa żagańskiego, zajętego po wyborze Konrada na patriarchę akwilejskiego. Niezatwierdzony przez papieża Bonifacego VIII Konrad powrócił na Śląsk, gdzie został uwięziony przez brata. Interwencja biskupa Jana, wsparta ekskomuniką Henryka i wasali książąt, spowodowała, że Głogowczyk uwolnił Konrada i zwrócił mu księstwo. Biskup uzyskał dodatkowo potwierdzenie wszystkich przywilejów biskupstwa wrocławskiego (24 kwietnia 1300).
Biskup Jan współpracował z metropolitą gnieźnieńskim Jakubem Świnką. Długosz podaje nawet, że brał udział w koronacjach Przemysła II (1295) i Wacława II (1300) w Gnieźnie. Historycy ustalili na podstawie dokumentów, że to jednak wymysł kronikarza, mający prawdopodobnie potwierdzić ścisłe związki obu hierarchów.
W administrowaniu diecezją, Jan troszczył się o kościoły w diecezji (m.in.