W 1894 i 1904 podpisano z Niemcami umowy celne. 22 stycznia 1902 utworzono Zebranie Specjalne traktujące o potrzebach przemysłowych w gospodarce rolnej. Ponieważ Mikołaj II nie zdecydował się na reformy w rolnictwie Zebranie w 1905 było rozwiązane.
Witte przeciwstawiał się polityce Japonii wobec Rosji, prowadził politykę zbliżenia z Chinami, w czasie wojny 1905 występował przeciw zajęciu Port Artur. Przy jego udziale zawarto sojusz obronny Rosji z Chinami skierowany przeciw Japonii. Zgodnie z nim przystąpiono do budowy Wschodniochińskiej Kolei Żelaznej w Mandżurii. Witte był jednak przeciwny rozwiązaniu konfliktu z Japonią drogą zbrojną. Spowodowało to rozchodzenie się polityki Wittego i Mikołaja II. Jego dążenia reformatorskie doprowadziły do konfliktu z innymi ministrami, szczególnie z Wiaczesławem von Plehwe, ministrem spraw wewnętrznych Cesarstwa Rosyjskiego i szefem tajnej policji politycznej, który oskarżył go o udział w rzekomym spisku żydowskim (Witte pochodził ze strony ojca z luterańskiej rodziny Niemców bałtyckich, ze strony matki z rosyjskiej arystokracji).