Na Hardenbergplatz przed dworcem powstał największy dworzec autobusowy Berlina, używany jednak jedynie przez autobusy miejskie.

W latach 70. i 80. tylne wyjścia dworca położone przy Jebensstraße stały się miejscem, w którym zbierali się narkomani oraz młodociane uliczne prostytutki. Książka My, dzieci z dworca Zoo Christiany F. przedstawiała codzienność środowiska narkomanów z dworca. W końcu lat 80. rygorystyczne kontrole policyjne spowodowały, że narkomani przenieśli się w inne miejsca. Mimo wszystko okolice dworca pozostały schronieniem dla bezdomnych, przede wszystkim sąsiadujące z nim wiadukty drogowe. Zwłaszcza turyści uskarżali się na nieprzyjemne warunki panujące na stacji. W 1991 r. dworzec zainspirował irlandzką grupę rockową U2 do napisania piosenki Zoo Station.

Latem 2005 r. szef Deutsche Bahn, , ogłosił, że od 28 maja 2006 pociągi dalekobieżne nie będą się zatrzymywały na Dworcu Zoo. Mimo wielu protestów ze strony mieszkańców, przedsiębiorców i lokalnych polityków z zachodniej części Berlina 6 lipca 2005 przedstawiono ostateczny układ komunikacyjny grzyba kolejowego. Jedynie pociągi nocne szwajcarskiego przedsiębiorstwa CNL oraz wychodzące w kierunku wschodnim (do Rosji i na Ukrainę) zatrzymują się na dworcu, a poza nimi jedynie pociągi regionalne i przyspieszone.