Ostateczne zakończenie odbudowy kościoła po pożarze z 1415 r. miało miejsce w 1520 r. za panowania księcia Jana II Dobrego; oprócz wymienionych wcześniej części, odnowiony kościół posiadał także drugą zakrystię. Kolejne remonty były wzmiankowane w latach 1555 i 1557; być może w tym czasie zastąpiono stare sklepienie nowym (w nawach bocznych przeskokowym).
W trakcie pożaru miasta w 1615 r. zniszczeniu uległy dach, szczyt i jedna z wież, a także większość wystroju wnętrza – wszystkie ołtarze (poza późnorenesansowym ołtarzem Trójcy Świętej); ocalały kamienne epitafia i żeliwne tablice. W 1617 r. ukończono odnawianie kościoła, lecz w latach 1622Taki rok podany jest w Katalogu zabytków sztuki w Polsce, natomiast artykuł Zabytkowe kościoły Opola i Muzeum Diecezjalne podaje rok 1620. i 1647 miały miejsce kolejne uszkodzenia w wyniku pożarów (spalenie dachu), w konsekwencji czego wymieniono ołtarze na barokowe. W 1652 r. odbudowano dach, a w 1653 r. odnowiono sklepienia. W drugiej połowie XVII w. wzniesiono nową zakrystię. W 1724 r. gontowy dach zastąpiono dachówkowym. thumb|left|Katedra – widok od strony Odry Po sekularyzacji, przeprowadzonej w 1810 roku, przestała istnieć ustanowiona w XIII w. kolegiata. W XIX w. przeprowadzono kolejne remonty: w 1836 r. wzmocniono sklepienia kotwami, w 1837 r.