Kariera duchownego (1693–1711) Był kanonikiem kilku kapituł. Wkrótce po święceniach, biskup kujawski Stanisław Dąmbski dał mu kanonię kujawską. Był deputatem duchownym na Trybunał Główny Koronny w 1695 i 1696 rokuStanisław Chodyński, Trybunaliści z Kapituły Włocławskiej, Włocławek 1911, s. 80.. 2 marca 1699 po rezygnacji swego krewnego, Ludwika Szembeka otrzymał po nim godność kanonika przemyskiego. W 1703 biskup warmiński Andrzej Chryzostom Załuski dał mu kanonię warmińską, a Stanisław Szembek zostawszy prymasem, udzielił Krzysztofowi prowizji na kanonię gnieźnieńską, w której instalował się 25 kwietnia 1708. W marcu 1711 Krzysztof Szembek został kanonikiem warszawskim i prawie równocześnie otrzymał prezentę królewską na proboszcza kapituły warmińskiej. Oprócz kanonii otrzymał również opactwa. Z nadania Augusta II w 1708 został opatem komendatoryjnym benedyktynów w Mogilnie. Od 1739 był jednym z ostatnich opatów komendataryjnych benedyktynów tynieckich. Opactwo to zwyczajnie oddawano prymasom. Autor rękopiśmiennej kontynuacji dodanej do katalogu opatów tynieckich St.