3 października 2000 roku ukazał trzeci album studyjny zespołu zatytułowany Destroy the Opposition. Rok później skład opuścili współzałożyciel zespołu Jason Netherton, gitarzysta Sparky Voyles oraz perkusista Kevin Talley. Nowym basistą i wokalistą został na krótko Derek Boyer, zaś gitarzystą Bruce Grieg. Z kolei na miejsce perkusisty do składu powrócił Erik Sayenga. Jeszcze w 2001 roku nowym basistą i wokalistą został Sean Beasley. Skład został rozszerzony także o wokalistę Vince Matthewsa. Niespełna rok później Griega zastąpił Mike Kimball. W odnowionym składzie kwintet zarejestrował czwarty album studyjny pt. Stop at Nothing. Płyta ukazała się 13 maja 2003 roku. W ramach promocji do utworu „One Shot, One Kill” został zrealizowany teledysk w reżyserii Frankie’ego Nasso. Obraz emitowany w programie telewizyjnym Headbangers Ball oraz wzrost zainteresowania katalogiem Relapse Records, przyczynił się także do wzrostu popularności Dying Fetus.