Historia thumb|230px|left|Dwór przy ul. Wieżyckiej Wieś została odnotowana w 1334 r. jako Zankoczyn (lokacja przez komtura gdańskiego Jordan von Veken), następnie Zamkoczin (1402), Czackenczin (1438), później Zankenczyn lub Zankenschin. W 1874 r. nazwa została zmieniona na Zankenzin, a w 1942 na Zangen. Współcześni językoznawcy rekonstruują ją jako Sękocin (od imienia Sękota). W 1399 r. Krzyżacy nadali wieś szpitalowi św. Elżbiety, od którego dzierżawili ją mieszkańcy Gdańska.
Zakoniczyn był zawsze niewielkim majątkiem na końcu prowadzącej do niego z Łostowic ulicy Wieżyckiej. na początku XIX wieku wieś liczyła 57 mieszkańców (1819). Pod koniec wieku, liczba mieszkańców wzrosła do 141 (1886).
W I połowie XIX wieku na fundamentach poprzedniego dworku powstał nowy, istniejący do dziś przy ul. Wieżyckiej. Do II wojny należał on do rodziny Wendtów - właścicieli pobliskich ziem, zamordowanych przez żołnierzy Armii Czerwonej i pochowanych w parku otaczającym dom (zachowane groby). W 1905 majątek zamieszkiwały 143 osoby (w tym 91 Niemców oraz 52 Polaków)Aleksandra Kozłowska "Znany deweloper kupił zabytkowy dwór w Gdańsku. A następnie go... zrujnował". Przed II wojną światową Zakoniczyn był majątkiem ziemskim (ostatnim właścicielem był Artur von Wendt). Po wojnie Zakoniczyn stał się PGR-em.