Biskup Wojtarowicz zakładał na terenie diecezji liczne towarzystwa trzeźwościowe zupełnie nieznane wcześniej w Tarnowie, gdzie zachęcał wiernych do abstynencji lub do ograniczenia spożywania trunków. Popierał także misje parafialne i sprowadzał do diecezji licznych kaznodziejów, przede wszystkim jezuitów, franciszkanów, bernardynów i karmelitów.
Za jego czasów notuje się także rozwój szkolnictwa wiejskiego. Rządy biskupa Wojtarowicza przypadły na czas zaborów, a także powstania w 1846 i rzezi galicyjskiej. Biskup starał się trzymać nieco na boku, choć wstawiał się o uwolnienie aresztowanych księży, można jednak stwierdzić, że do powstania ustosunkowany był pozytywnie„Biskup tarnowski Wojtarowicz na bankiet urządzony z racji cesarskich urodzin zaprosił zdrajcę Jakuba Szelę – odznaczonego przez cesarza złotym medalem honorowym i wielką wstęgą – i wraz z nim toastował na cześć «cesarsko-królewskiej apostolskiej miłości»”. [w:] „Przemyślanin”, nr 41, Artur Ceduła, 2007-11-13.. Tym przede wszystkim naraził się władzom austriackim, które w 1850 skłoniły go do rezygnacji. Po opuszczeniu diecezji biskup Wojtarowicz osiadł w klasztorze oo. Cystersów w Krakowie-Mogile, a nowym biskupem tarnowskim został ks. Józef Alojzy Pukalski. Ze względu na pogarszający się stan zdrowia biskup przeniósł się do kościoła św.