Średnia głębokość jeziora wynosi 2,5 m lub 2,2 m, natomiast głębokość maksymalna 4,9 m lub 5,0 m,.
Na podstawie badań przeprowadzonych w 2004 roku wody jeziora zaliczono do III klasy czystości i poza kategorią podatności na degradację.
Ochrona przyrody mały|left|Jezioro Brdowskie, w tle widoczny brdowski klasztor Przy zachodniej linii brzegowej otaczającej południowy basen jeziora stwierdzono występowanie czterech objętych ochroną prawną gatunków storczyków. Były to: kukułka plamista Dactylorhiza maculata, kukułka szerokolistna Dactylorhiza majalis, kukułka krwista Dactylorhiza incarnata i kruszczyk błotny Epipactis palustris. Gatunki te z wyjątkiem kruszczyka błotnego rosły łanami w Brdowie i Radoszewicach, a ich łączna liczba dochodziła do 400 kwitnących okazów. Epipactis palustris stwierdzono tylko w Brdowie w liczbie kilkudziesięciu kwitnących egzemplarzy. Na jeziorze stwierdzono występowanie grążela żółtego Nuphar lutea.
Nad jeziorem zaobserwowano występowanie 47 gatunków ptaków, w tym 11 gatunków o gniazdowaniu pewnym.