Po odsunięciu Nikona od władzy Awwakum mógł koło roku 1664 powrócić do Moskwy, gdzie zamieszkał w domu jednej z największych zwolenniczek starych obrzędów – bojaryni Fieodosiji MorozowejBojarynia Morozowa – artykuł z Kalendarza Staroobrzędowego . Jednak jego aktywna działalność na rzecz starej wiary sprawiła, że jeszcze w tym samym roku został zesłany do Pustozierska koło Archangielska, gdzie przetrzymywany był w ziemiance. Został spalony wraz z towarzyszącymi mu wyznawcami w Wielki Piątek roku 1682.
mały|Piotr Miasojedow, Protopop Awwakum na stosie
W miejscu, w którym spłonął, znajduje się obecnie ozdobny drewniany krzyż. Pomimo śmierci Awwakuma grupy odrzucające zmiany kontynuowały swą działalność jako staroobrzędowcy.
Pośmiertną sławę zapewnił mu także Żywot protopopa Awwakuma, przez niego samego nakreślony. Utwór ten powstał podczas pobytu w więzieniu w Pustoziersku w 1672 roku. Barwna autobiografia Awwakuma mówi o trudach jego uwięzienia i wygnania na daleki wschód Rosji, opowiada o jego przyjaźni i konflikcie z carem Aleksym, praktykach egzorcyzmowania demonów oraz bezgranicznym podziwie dla przyrody i innych dzieł Boga.