10 kwietnia 1968 został zatrzymany, a 12 kwietnia 1968 aresztowany po zarzutem „organizacji nielegalnych zgromadzeń”; zwolniono go bez procesu po trzech miesiącach.

Następnie kontynuował studia doktoranckie, w 1971 obronił pracę doktorską pt. Historia i utopia. Świadomość historyczna w ideologii jakobinów (1789–1794), napisaną pod kierunkiem Niny Assorodobraj-Kuli. Od 1972 był zatrudniony w Instytucie Filozofii i Socjologii Polskiej Akademii Nauk. Na przełomie lat 60. i 70. nawiązał współpracę z „Tygodnikiem Powszechnym”, w którym debiutował w 1972. Razem z Wojciechem Karpińskim publikował na jego łamach teksty w cyklu Od Mochnackiego do Piłsudskiego. Sylwetki polityczne XIX wieku, które ukazały się drukiem w 1974 (okrojone przez cenzurę, która nie zgodziła się m.in. na pierwszą część tytułu). Książka ta była jedną z ważnych lektur środowisk opozycyjnych II połowy lat 70.; była dyskutowana m.in. w środowisku Aleksandra Halla, który uważał ją za wyjątkowo ważną dla przełamania lęku przed ideą narodową.