Powojenne procesy i więzienie Schörner został ponownie aresztowany w sierpniu 1951 przez Sowietów. Oskarżono go o „piastowanie urzędów w dowództwie byłej niemieckiej armii oraz aktywne uczestnictwo w przygotowaniu oraz prowadzeniu zbrodniczej wojny przeciwko Związkowi Radzieckiemu z pogwałceniem międzynarodowego prawa i traktatów”. W lutym 1952 Kolegium Wojskowe Sądu Najwyższego ZSRR skazało Schörnera na 25 lat pozbawienia wolności. Dekretem prezydium z kwietnia 1952 kara została zredukowana do 12,5 roku więzienia.
Dekret z grudnia 1954 umożliwiał ekstradycję Schörnera do Niemieckiej Republiki Demokratycznej. Władze NRD zezwoliły mu na wyjazd do RFN w 1957. Tam z kolei został aresztowany i oskarżony o bezprawne egzekucje żołnierzy niemieckich oskarżonych o dezercję. Skazano go na cztery i pół roku więzienia. Po odbyciu 2 lat kary zwolniono go z powodu złego stanu zdrowia.
Żył w ukryciu aż do śmierci w 1973. .
Krytyka Niemieccy weterani wojenni krytykowali Schörnera za wydany przez niego w 1945 rozkaz, zgodnie z którym wszyscy żołnierze napotkani za linią frontu i nieposiadający pisemnych rozkazów mieli zostać rozstrzelani bez procesu. Fakt ten został uwzględniony w publikacjach Siegfrieda Knappego i Hansa von Lucka.