W lipcu został dowódcą Grupy Armii Północ, przemianowanej później na Grupę Armii Kurlandia. W styczniu 1945 przeniesiono go do Grupy Armii Środek, broniącej Czechosłowacji oraz górnego biegu Odry.
Schörner cieszył się uznaniem wysokich urzędników narodowosocjalistycznych – w tym samego Josepha Goebbelsa, który w swoim pamiętniku zawarł wiele pochwał odnośnie do postawy Schörnera. 4 kwietnia 1945, Schörnera awansowano do stopnia feldmarszałka. Hitler w swoim testamencie politycznym z 29 kwietnia mianował go naczelnym dowódcą wojsk lądowych (Oberbefehlshaber des Heeres). Stanowisko to piastował od 30 kwietnia (tj. śmierci Hitlera) do dnia kapitulacji III Rzeszy 8 maja 1945. W rzeczywistości w dalszym ciągu dowodził swoją grupą armii, chociaż nie podlegał mu żaden sztab i nie posiadał on dostrzegalnego wpływu na działania wojska w ostatnich dniach wojny.