Rozkład dnia w tym okresie był całkowicie podporządkowany rozkładowi dnia Hitlera, który wraz z narastającą awersją do generalicji Wehrmachtu spędzał ze swoimi sekretarkami coraz więcej czasu, jadał z nimi posiłki, dzięki czemu zyskały one szansę poznania jego życia osobistego, jego myśli i przeszłości. 23 czerwca 1943 Traudl wyszła za mąż za służącego (do lata 1943) i ordynansa Hitlera z LSSAH (od 1936), SS-obersturmführera SS Hansa Hermanna Jungego, który 13 sierpnia 1944 zginął podczas ataku lotniczego w Dreux we Francji.
Z początkiem 1945 r. Traudl Junge przeprowadziła się wraz z innymi współpracownikami Hitlera do schronu znajdującego się pod Kancelarią Rzeszy, gdzie spędziła ostatnie tygodnia życia Hitlera. Wprawdzie Hitler chciał ewakuować w nocy z 20 na 21 kwietnia pozostające jeszcze w schronie kobiety, te jednak wyraziły chęć pozostania. Wieczorem 28 kwietnia była obecna przy zawarciu małżeństwa Hitlera i Evy Braun oraz zanotowała jego testament. Gdy 30 kwietnia około godziny 15:30 padły strzały, siedziała w pokoju obok i jadła kolację z dziećmi Goebbelsa.
Traudl Junge opuściła schron z zamiarem przedarcia się na zachód 1 maja wieczorem, razem z pierwszą zorganizowaną grupą uciekinierów dowodzoną przez Wilhelma Mohnke.