Kariera Gdy był nastolatkiem jego talent dostrzegł Kipchoge Keino – kenijski długodystansowiec, czterokrotny medalista olimpijski. Keino zasugerował Kipketerowi pójście do katolickiej szkoły św. Patryka w Iten, która znana była z wychowywania młodych biegaczy. Pierwszymi dużymi występami międzynarodowymi były dla biegacza starty w mistrzostwach świata juniorów w 1988 w Kanadzie – w biegu na 800 metrów został zdyskwalifikowany już w eliminacjach, a kenijska sztafeta 4 x 400 metrów z Kipketerem na pierwszej zmianie zajęła wówczas 7. miejsce w biegu eliminacyjnym i nie awansowała do finału. Dwa lata później na kolejnym juniorskim czempionacie był 4. w biegu na 800 metrów, a sztafeta zajęła 8. miejsce.
W 1990 roku biegacz wyjechał do Danii na wymianę studencką i podjął naukę na Uniwersytecie Kopenhaskim. W tym samym czasie złożył wniosek o przyznanie mu duńskiego obywatelstwa, które otrzymał w 1994 i od 1995 zaczął reprezentować nowy kraj. Trzykrotnie zdobył złote medale młodzieżowych mistrzostw Danii startując w barwach Københavns IF (w 1991 na 800 metrów, w 1992 na 400 i 800 metrów). W 1993 i 1994, jeszcze jako Kenijczyk wywalczył jedyne w swojej karierze tytuły mistrza Danii, startując w barwach IF Sparta Kopenhaga – klub ten reprezentował aż do zakończenia kariery sportowej.