Do zespołu w 1998 dołączył gitarzysta Phil Cavaino. Wyndorf przeprowadził się do Las Vegas i przystąpił do pracy nad kolejnym albumem Powertrip. Album był wielkim przełomem. Zmienił się styl zespołu. Monster Magnet odeszli od stoner rocka o przytłumionym brzmieniu. Pojawiło się więcej charakterystycznych gitarowych fragmentów, perkusja stała się cięższa. Space Lord, pierwszy singel, stał się przebojem w dużych rozgłośniach radiowych. Zespół zaczął organizować trasy koncertowe z takimi zespołami jak Aerosmith, Metallica i Marilyn Manson.
God Says No wydany w 2000 roku był ostatnim pod szyldem A&M Records. W tym samym roku zespół, w wyniku konfliktów wewnętrznych, opuścili Joe Calandra i Jon Kleiman
W roku 2003 Monster Magnet podpisali kontrakt z europejską wytwórnią SPV. Owocem tego był wydany na początku 2004 roku album Monolithic Baby!. W marcu 2005, po siedmiu latach współpracy, zespół opuścił Phil Cavaino.