Swoje prace Muzeum prowadziło także w Górach Świętokrzyskich, gdzie w starożytności rozwinęło się hutnictwo żelaza.
Dziś Muzeum prezentuje zarówno wystawy stałe, jak i czasowe. Muzeum wydaje serię wydawniczą „Biblioteka MAK” (dotąd ukazało się 9 tomów), czasopismo: „Materiały Archeologiczne” (wydano 42 tomy), do roku 2006 ukazało się także 25 tomów „Materiałów Archeologicznych Nowej Huty”.
Dyrektorzy Gotfryd Ossowski (1850-1894) Włodzimierz Demetrykiewicz (1894-1937) Tadeusz Reyman (1937-1955) Stefan Nosek (1955-1961) Kazimierz Radwański (1961-1995) Jacek Rydzewski (1995-2011) Jacek Górski (od 2011)
Budynek thumb|left|Widok budynku Muzeum od strony Plant (2001) thumb|left|Ogród Muzeum W miejscu, gdzie stoi budynek muzeum, w IX-XIII wieku znajdowały się drewniano-ziemne umocnienia podgrodzia Okół, a od XIV wieku mur obronny miasta. Pozostałości umocnień zachowały się w podziemiach Muzeum i w północno-wschodniej części ogrodu. W północno-zachodnim narożniku zabudowań i pod murem ogrodzenia od strony ul. Poselskiej widoczne są do dziś relikty fortyfikacji i baszty Murarzy, przez którą zwiedzający wchodzą do budynku głównego.