Wkrótce potem, jego starszy syn, Marc-Antoine, powiedział mu, że również chce porzucić kalwinizm na rzecz katolicyzmu. Marc-Antoine nie otrzymał jako protestant specjalnego zaświadczenia od katolickiego duchowieństwa, przez co nie mógł wykonywać wyuczonego zawodu prawnika.
13 października 1761 Marc-Antoine został znaleziony powieszony w sklepie ojca. Rodzina składała w tej sprawie sprzeczne zeznania. Początkowo twierdziła, że został zamordowany, dopiero potem stwierdziła, że jedynie znaleziono zwłoki. Przypuszcza się, że rodzina chciała uniknąć infamii i bezczezczenia zwłok, co następowało w przypadku samobójców.
Pogrzeb Marca-Antoine’a stał się okazją do antykalwińskich manifestacji katolików. Był on kreowany na katolickiego męczennika, ofiarę kalwinizmu, w czym prym wiedli miejscowi dominikanie. Jean Calas został aresztowany i oskarżony o zamordowanie syna. Pozostali członkowie rodziny zostali oskarżeni o współudział.
thumb|left|Aresztowanie Calas