Projekty finansowane z Funduszu Spójności powinny być zgodne z postanowieniami traktatów, przyjętymi zgodnie z nimi instrumentami oraz politykami wspólnotowymi łącznie z polityką ochrony środowiska, transportową, w dziedzinie sieci transeuropejskich, polityką konkurencji oraz polityką zamówień publicznych.
Przy wyznaczaniu alokacji środków z Funduszu Spójności dla danego kraju brana jest pod uwagę liczba ludności, PNB na jednego mieszkańca, powierzchnia kraju oraz inne czynniki społeczno-ekonomiczne np. deficyt w obszarze infrastruktury transportowej w kraju odbiorcy wsparcia. Pomoc z Funduszu wraz z transferami z funduszy strukturalnych nie powinna przekroczyć 4% PKB kraju beneficjenta.
Zgodnie z postanowieniami Traktatu o Przystąpieniu Polski do Unii Europejskiej na zobowiązania podejmowane przez nowe Państwa Członkowskie w ramach interwencji Funduszu Spójności, Unia Europejska przeznaczyła na lata 2004–2006 środki finansowe w wysokości 7 590,5 mln euro według cen z 1999 r.