Bezpośrednie pociągi osobowe Polregio (pod marką REGIO) są odprawiane w czterech kierunkach: w stronę Poznania (stacje docelowe: Poznań Gł., Wrocław Gł.), Szczecina (stacje docelowe: Szczecin Gł., Świnoujście, Świnoujście Port), Piły (stacje docelowe: Piła Gł., Chojnice) i Gorzowa Wielkopolskiego (stacje docelowe: Gorzów Wlkp., Kostrzyn)Plakatowy rozkład jazdy dla stacji Krzyż dostępny na Portalu Pasażera PKP PLK..
Wedle przedstawionego w 2015 roku Planu Zrównoważonego Rozwoju Publicznego Transportu dla Województwa Wielkopolskiego, połączenia na trasie Krzyż-Piła Gł. miały zostać zlikwidowane; propozycja ta spotkała się z oporem społeczności lokalnych.
W ruchu dalekobieżnym Krzyż jest stacją pośrednią na odcinku Poznań Gł.-Szczecin Gł. Liczba połączeń dalekobieżnych wzrasta w sezonie letnim w związku z położeniem stacji na jednej z bezpośrednich tras nad morze. Dodatkowo, jest to stacja przesiadkowa dla pasażerów zmierzających do Gorzowa Wielkopolskiego, do którego docierają tylko cztery połączenie dalekobieżne dzienniePlakatowy rozkład jazdy dla stacji Gorzów Wlkp. dostępny na Portalu Pasażera PKP PLK.. Przyjazdy i odjazdy autobusów szynowych są często skorelowane z godzinami przyjazdów i odjazdów pociągów pospiesznych i ekspresowych.