W 1904 roku zamontowano 13-głosowe organy o trakturze pneumatycznej, zbudowane przez elbląską firmę August Terletzki/Eduard Wittek. Kierownikiem prac był Paul Richter. Uroczyste oddane kościoła do użytku miało miejsce 18 lutego 1904 roku.
Kościół zostanie uszkodzony podczas II wojny światowej. Podczas wojny usunięto część dachu i witraże, usunięto ołtarz oraz uszkodzono organy. W 1945 roku, po II wojnie światowej, do kościoła trafiły dzwony pochodzące ze zburzonego kościoła ewangelickiego na Podgórzu. 26 sierpnia 1945 roku kościół otrzymał imię świętego Szczepana. W grudniu 1945 zespół kierowany przez Rajmunda Gogolina zakończył oszklenie kościoła. Ponadto do kościoła trafił klasycystyczny ołtarz z obrazem Chrystusa Zmartwychwstałego, pochodzący z kościoła pod wezwaniem św. Trójcy. W 1946 roku podczas prac remontowych przebito nowe wejście do prezbiterium, podniesiono balkon, odmalowano wnętrze i zamontowano w nowej lokalizacji ambony. W tym samym roku odsłonięto tablicę pamiątkową ku czci duchownych związanych z tutejszą parafią. W 1947 roku do kościoła trafiły: żyrandol, krucyfiks, organy z Zelgna, materiał na ławki, sześć lichtarzy i pięć chodników kokosowych. W 1951 roku organy trafiły do Włocławka. Stare organy zostały wyremontowane. W tym samym roku rozpoczęto przymierzać się do remontu dachu.