Brał udział w insurekcji kościuszkowskiej. 24 kwietnia 1794 roku został wybrany do Rady Najwyższej Rządowej Litewskiej w Wilnie. Stał się jednym z najbardziej zaufanych zastępców naczelnika Jakuba Jasińskiego. W 1794 roku był członkiem Deputacji TajnejBartłomiej Szyndler, Powstanie kościuszkowskie 1794, Warszawa 1994, s. 135.. W czasie działań wojennych na terenie Kurlandii służył pod komendą generała Tomasza Wawrzeckiego. W dowód uznania za sukcesy w Inflantach Giedroyć został awansowany na generała lejtnanta i otrzymał od Tadeusza Kościuszki pierścień Ojczyzna Obrońcy Swemu. Po klęsce insurekcji na Litwie generał Giedroyć przedostał się na zachód i uczestniczył w obronie Warszawy. Po upadku powstania dostał się do niewoli rosyjskiej, z której jednak został szybko zwolniony. Wyjechał do Paryża, gdzie w ramach Deputacji Polskiej organizował wybuch powstania na Litwie.