Na każdą turę przypada jeden atak, lub wycofanie pokémona albo użycie jednego przedmiotu przez trenera. Walka kończy się złapaniem dzikiego stworka, znokautowaniem jednej ze stron, lub ucieczką (w przypadku walki dwóch trenerów dopuszczalna jest tylko druga opcja). Pokonane/zmęczone pokémony można po walce przywrócić do zdrowia w budynkach Pokémon Center lub za pomocą przedmiotów. Do pokonania niektórych przeszkód na mapie potrzebne są pokémony z odpowiednimi atakami, np. aby przeciąć drzewo blokujące drogę należy użyć ataku cut (cięcie). W grze można znaleźć wiele ukrytych przedmiotów, można je także kupować w sklepach za pieniądze zdobywane w walkach. Gra jest w większości jednoosobowa, jednak można staczać walki oraz handlować pokémonami z innymi graczami poprzez połączenie z drugim Game Boyem (z kompatybilną wersją gry Pokémon).
Fabuła Gracz wciela się w postać młodego trenera pokémonów z miasteczka Pallet Town i dostaje pierwszego Pokémona – Pikachu od profesora Oak. W czasie wędrówki po krainie Kanto łapie nowe Pokémony, stacza walki z głównym rywalem – wnukiem prof. Oak oraz innymi trenerami. Walczy także ze złym zespołem Rocket. Może spotkać także cztery potężne legendarne pokémony: Articuno, Zapdos, Moltres i Mewtwo.