Ogrody królewskie, chociaż za czasów Wazów zaniedbywane, przetrwały na Wawelu dwa stulecia. Podczas potopu szwedzkiego zniszczono królewską łaźnię. Dalsze zniszczenia spowodowała przebudowa fortyfikacji w XVIII wieku. Ostatecznie jednak zdewastowane zostały podczas zaborów w XIX wieku przez Austriaków, mających na Wawelu swoje koszary wojskowe. Pierwsze plany rekonstrukcji ogrodów na Wawelu pojawiły się w okresie międzywojennym. W czasie II wojny światowej generał-gubernator Hans Frank na ich terenie posiadał korty tenisowe.
Podczas II wojny wybudowano w tym rejonie basen przeciwpożarowy, czasem uważany błędnie za osobisty basen Hansa Franka.
Obecnie prowadzone prace i udostępniona dla turystów ekspozycja ma na celu jak najwierniejsze odtworzenie wyglądu ogrodów z czasu ich powstania, czyli z okresu renesansu. Korzystając z przekazów historycznych i na podstawie prac archeologicznych udało się bardzo wiernie odtworzyć wygląd ogrodów na dwóch tarasach. Na trzecim, dolnym tarasie nadal prowadzone są jeszcze badania archeologiczne. W dębowych skrzyniach jak dawniej pojawiły się zioła i przyprawy. W niewielkich kwaterach utworzonych przez układ ceglanych chodników posadzono rośliny sięgające swoim rodowodem XVI wieku i pojawiające się w historycznych wawelskich przekazach.