Linie otrzymały prawo do pracy bez żadnej ingerencji ze strony rządu i obowiązek samofinansowania bez rządowego wsparcia.
EgyptAir jest właścicielem EgyptAir Express i Air Sinai. Ma również udziały w dwóch innych liniach lotniczych: Air Cairo (60%) oraz Smart Aviation Company (20%). W czerwcu 2007 spółka zatrudniała 20 734 pracowników, z czego 7600 pracuje w liniach lotniczych EgyptAir (linie lotnicze są zależne od spółki)„Directory: World Airlines”. magazyn Flight International str. 76. Wydanie z 2007-04-03..
W 2004 linie lotnicze jako pierwsze w Afryce otrzymały certyfikat IOSA, natomiast w 2006 brytyjska firma ratingowa Skytrax przyznała przewoźnikowi status linii trzygwiazdkowej.
Linia w 2006 otworzyła swoją regionalną spółkę zależną, EgyptAir Express, posiadające samoloty Embraer 170. Przewoźnik realizował połączenia krajowe z Kairem, Szarm asz-Szajch, Hurghadą, Luksorem, Asuanem, Marsa Alam, Abu Simbel i Aleksandrią w celu uzupełnienia sieci połączeń EgyptAir. W 2009 linie otrzymały 12 samolotów Embraer 170. W listopadzie 2019 zostały zamknięte.