Po wybuchu wojny dowództwo Obszaru Warownego „Wilno” podjęło prace związane z przygotowaniem miasta do obrony. Nowym dowódcą Obszaru 12 września 1939 r. został ppłk Tadeusz Podwysocki, zarazem komendant wileńskiego garnizonu. 14 września do Wilna przybył zastępca dowódcy DOK nr III ds. OPL płk dypl. Jarosław Okulicz-Kozaryn, który prawdopodobnie przejął faktyczne dowództwo jako najstarszy stopniem oficer. Obaj byli przekonani, że miasto powinno podjąć obronę przed wkraczającymi wojskami sowieckimi, ale raczej jako powstrzymanie pierwszego ataku, aby umożliwić ewakuację urzędów, żołnierzy i ewentualnie ludności cywilnej w stronę Litwy. W tym celu podjęli pewne kroki, jak ściągnięcie znad granicy litewskiej pułku KOP „Wilno” (bataliony KOP „Orany”, „Troki” i „Niemenczyn”) oraz batalionu ON „Postawy”, sformowanie nowych pododdziałów spośród młodzieży przeszkolonej w ramach Przysposobienia Wojskowego, czy rozmieszczenie wojsk na stanowiskach wokół i w samym mieście. 17 września, czyli w przeddzień sowieckiego ataku, w Wilnie znajdowało się ok. 14 tys. żołnierzy oraz ochotników, ale tylko ok. 6,5 tys. było uzbrojonych. W międzyczasie napływały jeszcze różne drobne pododdziały. 18 września rano sformowano batalion studencki spośród studentów zdolnych do noszenia broni. Tego samego dnia doszło do rozmowy juzowej gen. J.