Został jego pierwszym dyrektorem, a funkcję tę pełnił aż do swojej śmierci. Nie porzucił jednak pracy naukowej i w 1891 roku uzyskał tytuł profesora. Baginsky pozostawił po sobie znaczny dorobek literatury fachowej, głównie z dziedziny pediatrii. Kiedy powrócił do Berlina (1877) założył i współredagował czasopismo „Centralzeitung für Kinderheilkunde”, które było pierwszym ogólnoniemieckim pismem poświęconym medycynie dziecięcej. W 1879 roku czasopismo zmieniło nazwę na „Archiv für Kinderheilkunde”. Lata 80. XIX wieku zaowocowały wydaniem dzieł: Handbuch der Schulhygiene (Podręcznik higieny szkolnej), którego nakład wielokrotnie wznawiano oraz Lehrbuch der kinderkrankheiten (Podręcznik chorób dziecęcych). Ta ostatnia pozycja była do 1908 roku siedmiokrotnie wznawiana. W 1895 roku wydał, cieszącą się znakomitą opinią świata fachowego, rozprawę o leczeniu (seroterapii) błonicy (dyfterytu). Uwypuklał związek pomiędzy zachorowalnością dzieci a higieną osobistą, a w szczególności higieną szkolną.