W RAF otrzymał numer służbowy P-1505. 2 sierpnia objął dowództwo 303 dywizjonu myśliwskiego w Northolt. Jednostka weszła do walki 30 sierpnia 1940 roku. 6 września Zdzisław Krasnodębski został zestrzelony podczas walki, między Hextable a Wilmington. Ciężko poparzony trafił do szpitala. Tam z rąk gen. Władysława Sikorskiego otrzymał 5 października 1940 roku Krzyż Srebrny Orderu Virtuti Militari. Po powrocie ze szpitala w czerwcu 1941 został wysłany z Misją Wojskową do Kanady, której celem było werbowanie w Ameryce młodych rekrutów do Polskich Sił Zbrojnych. Do końca wojny pełnił wiele funkcji dowódczych naziemnego personelu obsługi lotnictwa, m.in. był dowódcą stacji myśliwskiej w Heston. Od 4 października 1943 do 17 lutego 1944 był dowódcą 131 Polowego Portu Lotniczego. Był też dowódcą Polskiej Szkoły Pilotów w Newton pod Nottingham. Od 2 stycznia do 17 września 1945 był słuchaczem VI Kursu Wyższej Szkoły Lotniczej w Weston-super-Mare.