Wystrój domu dokumentują liczne pocztówki wydawane przez cały okres funkcjonowania muzeum.

W 1944 roku muzeum zamknięto, wystrój domu zdemontowano i wywieziono poza Gdańsk w ramach akcji ochrony zabytków przed działaniami wojennymi prowadzonej przez konserwatorów niemieckich. Zachowały się w Archiwum Państwowym w Gdańsku rysunki z dokonanej przed wywózką inwentaryzacji pod kierownictwem Jakoba Deurera (1897–1960). Nie jest znana pełna lista miejsc, dokąd ewakuowano zabytki z muzeum, wiadomo, że część przedmiotów trafiła do majątku Gorzędziej i do refektarza dawnego kościoła klasztornego w Kartuzach. Budynek został spalony w marcu 1945 roku, gdy do miasta dotarły wojska sowieckie, tak jak wiele innych domów gdańskich – zniszczeniu uległo wg różnych szacunków od 80 do 95% zabudowy miasta.

Decyzja o odbudowie domu, który nie pełni funkcji muzeum (lata 1946–1981) Większość zabytkowego wystroju i pierwotnego wyposażenia Domu Uphagena zaginęła.