Struktura Komenda Główna PAP znajdowała się w Toruniu. Na czele organizacji stali komendanci: chor. Jan Stachowiak ps. „Franciszek” (do śmierci 5 kwietnia 1943); Edward Rudzki ps. „Biały Grot”, „Edward”, mający przybrane nazwiska: Edward Słowikowski, Edward Burchardt, Jan Jastrzębski, ppłk Podhalański, Siemianowski (zastrzelony 11 stycznia 1945 jako agent Gestapo z wyroku Wojskowego Sądu Specjalnego); Franciszek Brzeski ps. „Jantar” (do zakończenia wojny, ścigany przez Wojskowy Sąd Specjalny Armii Krajowej).
Zastępcą komendanta i jednocześnie szefem Oddziału Organizacyjnego był Edward Kalinowski (do aresztowania 25 sierpnia 1943), a następnie Franciszek Brzeski; szefem sztabu – Zygmunt Popowski ps. „Wydra” (do aresztowania 1 marca 1944), Bogdan Zieliński ps. „Ryś”; szefem wywiadu – Jan Kieruj ps. „Lew” (do aresztowania 25 sierpnia 1944), szefem łączności – Ignacy Malinowski (do aresztowania 25 sierpnia 1944), szefem kancelarii – Maria Staufer ps. „Leliwa” (do aresztowania 25 sierpnia 1944).