W 1576 roku Ferenc Dávid został wybrany biskupem unitarian. Wtedy też podważył sens modlitw do Jezusa. Jego przeciwnicy uznali to za wprowadzanie „innowacji religijnych” i w 1579 roku doprowadzili do skazania go na dożywotnie więzienie, gdzie zmarł jeszcze w tym samym roku. Synod Kościoła unitariańskiego został zmuszony do uznania boskości Chrystusa.
Szykany wobec unitarian zaczęły w XVII wieku, gdy władzę w kraju objęli kalwini. Unitarian podejrzewano o powiązania z sabbatarianami, którzy głosili powrót do zasad judaizmu i odrzucali Nowy Testament, i na tej podstawie żądano delegalizacji wyznania. Ostatecznie unitarianizm pozostał dozwolony, ale Kościołowi nakazywano wzywanie Jezusa w modlitwach i chrzest „w imię Ojca i Syna i Ducha Świętego”. Unitarianom zakazywano też publikacji, odbierano kościoły, a ostatecznie odebrano im miejsca w sejmie.
W 1692 roku władzę objęli Habsburgowie. Choć obiecywali respektować wolność wyznania to wspierali katolicyzm. Unitarianom odbierano szkoły i kościoły, tak, że do końca XVIII wieku, gdy zagwarantowano tolerancję, dotrwało zaledwie 32 tysiące unitarian, zwłaszcza wśród chłopów i drobnomieszczaństwa.