Powołanie Komisji miało więc dwa główne cele: ekonomiczny oraz narodowościowy – wspieranie napływu Niemców do Wielkopolski i Pomorza Gdańskiego miało spowodować rozwój gospodarczy regionu oraz wzmocnić lokalną społeczność niemiecką.
Siedziba W pierwszych latach istnienia Komisja Kolonizacyjna zajmowała pomieszczenia w budynku rejencji (mieszczącym się w dawnym kolegium jezuitów, dzisiejszym Urzędzie Miasta) oraz w starym budynku Szkoły Ludwiki (Pałac Górków). Od 1891 r. administracja Komisji rozlokowana była w kamienicach przy Mühlenstraße, Neumannstraße (dziś ul. Działyńskich) oraz Oberwallstraße (dziś ul. Kościuszki). Trudna sytuacja lokalowa spowodowała powstanie dla Komisji nowego, monumentalnego gmachu przy Paulikirchstraße (dziś ul. Fredry), który zajmowała ona od 1909 r. do końca swego istnienia.
Likwidacja Wskutek sukcesu powstania wielkopolskiego Komisja Kolonizacyjna została zlikwidowana w czerwcu 1919 roku, a w jej miejsce utworzony został polski Urząd Osadniczy, kierowany przez dr. Kazimierza Karasiewicza, lekarza z Tucholi. Urząd przejął majątek oraz zadania Komisji Kolonizacyjnej, wzmacniając jednak osadnictwo polskie zamiast niemieckiego.