Jako kompromis, w dniu 6 września 1974 samolot bez pasażerów wystartował z portu lotniczego im. Dawida Ben Guriona i poleciał na lotnisko Jerozolimy, gdzie został uroczyście przywitany przez oficjalne władze izraelskie. W grudniu 1975 Organizacja Międzynarodowego Lotnictwa Cywilnego potępiła Izrael za eksploatowanie portu lotniczego Jerozolima. Z tego powodu w kolejnych latach lotnisko obsługiwało jedynie niewielką liczbę lotów czarterowych. Okazjonalnie wykorzystywały je także Siły Powietrzne Izraela, których piloci szkolili się w lądowaniu z użyciem systemu ILS. W 1992 zmieniono nazwę lotniska na port lotniczy Atarot, upamiętniając w ten sposób zniszczoną żydowską osadę o tej właśnie nazwie. Wraz z wybuchem intifady Al-Aksa w październiku 2000 zdecydowano się zamknąć lotnisko. Było ono otoczone arabskimi osiedlami i izraelskie siły bezpieczeństwa nie były w stanie zagwarantować normalnego funkcjonowania portu. Terminal pasażerski został częściowo rozebrany, a odpowiedzialność za lotnisko przejęły Siły Obronne Izraela, które wykorzystywały je jako lądowisko dla helikopterów. Na szczycie w Camp David w 2000 izraelska delegacja zaprezentowała mapy, na których lotnisko Atarot znajdowało się w zabudowanym terenie izraelskiej Jerozolimy.