W 2004 roku skład zespołu opuścił Sean Malone. Grupa nie zdecydowała się na angaż nowego muzyka. Rok później formacja zarejestrowała materiał na drugi album długogrający. Płyta zatytułowana Free została wydana 31 marca 2006 roku. Partie gitary basowej na płycie gościnnie nagrał Joey Vera, muzyk związany poprzednio m.in. z zespołem Anthrax. Materiał promowany teledyskiem do utworu „Free” nie spotkał się z szerszym zainteresowaniem publiczności. 9 października, także 2006 roku został wydany pierwszy minialbum zespołu pt. re:free. Na płycie znalazły się remiksy utworów pochodzących z albumu Free.
W 2008 roku na tle różnic personalnych Mike Portnoy odszedł z zespołu. W jego miejsce grupa zaangażowała muzyka sesyjnego – Gavina Harrisona, perkusistę znanego z występów w zespole Porcupine Tree. 27 kwietnia 2009 roku ukazał się trzeci album studyjny zespołu pt. Blood. Gościnnie w nagraniach wzięli udział wokaliści Tim Bowness, członek formacji No-Man i Mikael Åkerfeldt, lider grupy Opeth. W maju 2010 roku grupa podpisała nowy kontrakt wydawniczy z wytwórnią płytową Metal Blade Records. 27 marca 2012 roku ukazał się czwarty album długogrający zespołu zatytułowany Fire Make Thunder. Partie perkusji na płycie ponownie zarejestrował Gavin Harrison. Materiał promowany teledyskiem do utworu „For Nothing” znalazł 2,4 tys.