W czasie II wojny światowej znalazł się w obozie jenieckim w Pustkowie, w którym zorganizował obozowy teatr, a później w obozie koncentracyjnym Groß-Rosen. Skazany tam na karę śmierci uniknął wyroku, ponieważ został rozpoznany jako śpiewak operowy. Jego żona Maria zmarła 9 czerwca 1945 w szpitalu dla DPs w obozie Bergen-Belsen.
Działalność w Polsce Ludowej W latach 1945–1946 Wojciech Dzieduszycki, którego rodzinny majątek został zagarnięty przez ZSRR, był dyrektorem Teatru Kameralnego TUR w Krakowie, a następnie osiedlił się we Wrocławiu. W 1946 poślubił Halinę Świątkównę. Wiedzę zdobytą przy zarządzaniu rodzinnym majątkiem wykorzystał przy uruchamianiu przemysłu spożywczego na Dolnym Śląsku. Był dyrektorem młynów zbożowych, opracował recepturę i technologię produkcji mąki wrocławskiej (pszenna, typu 500), a także uczył w technikum spożywczym na wrocławskiej Wyspie Młyńskiej (obecnie Hotel Tumski). W 1949 urodziła się jego córka Małgorzata.