Pod rządami północnych militarystów zoo coraz bardziej podupadało. Ostatni i jedyny słoń zmarł w 1937 roku. Japończycy pod pretekstem zabezpieczenia siebie przed nalotem otruli lwy, tygrysy i lamparty. Tuż przed powstaniem ChRL w 1949 roku zoo zamieszkiwało jedynie 12 małp, dwie papugi i ślepe emu. Park został ponownie otwarły dla publiczności w 1950 roku, a od 10 kwietnia 1955 formalnie nazywa się Pekińskim Ogrodem Zoologicznym.
Zoo rozwijało się szybko i w 1987 miało powierzchnię 40 000 metrów kwadratowych. w późnych latach 50. do zoo zostały sprowadzone m.in. niedźwiedzie, słonie, pandy, lwy, tygrysy, ptaki, hipopotamy, nosorożce, antylopy i żyrafy. Zostały otwarte klatki z gorylami i małpami oraz budynek z akwariami, zawierający ponad 100 gatunków gadów z całego świata, włączając krokodyle i pytony.
Obecnie zoo zamieszkuje 7 tys. zwierząt należących do 600 gatunków, włączając pandy, gibony, słonie, nosorożce i wiele innych.
Zoo jest także znanym ośrodkiem badań zoologicznych, są w nim kolekcjonowane i hodowane dzikie ptaki i zwierzęta z różnych kontynentów.