Zraził do siebie możnych polityką fiskalną. Spowodowało to bunt przeciw monarsze, na którego czele stanęli opaci cysterscy z klasztorów w Zbrasławiu i Sedlcu. Stronnictwo Henryka Karynckiego opuścił wpływowy podkomorzy królewski i faworyt królowej Ryksy Elżbiety, Henryk z Lipy. W Czechach wybuchła wojna domowa, którą dla swoich planów dynastycznych postanowili wykorzystać Luksemburgowie. W sierpniu 1310 na sejmie Rzeszy we Frankfurcie nad Menem król niemiecki Henryk VII Luksemburski pozbawił go władzy, oddając Czechy swojemu synowi Janowi Luksemburskiemu. W wyniku wyprawy wojsk luksemburskich, Henryk zmuszony był ustąpić z tronu i udał się do Tyrolu. Przed wyjazdem za Alpy zabrał ze sobą ze skarbca praskiego insygnia koronacyjne Przemyślidów i Piastów, których Luksemburgom już nigdy nie zwrócił.
Pomimo że stracił tytuł króla czeskiego i znaczenie polityczne w Rzeszy, udało mu się jednak jeszcze kilkakrotnie wziąć udział w ważnych wydarzeniach politycznych. W 1314 roku podczas wojny domowej w Niemczech wspierał Habsburgów przeciwko Ludwikowi IV Bawarskiemu. W 1325 roku był mediatorem między dwiema zwaśnionymi stronami, które zakończyło się uznaniem przez króla niemieckiego praw do tronu Fryderyka Habsburga i powierzenia mu koregencji.