Wrócił na Ukrainę, tam pisał artykuły dla kilku lokalnych czasopism. Chciał otworzyć bezpłatną szkołę dla wiejskiej młodzieży, ale nie uzyskał zezwolenia władz. Został jednym z pierwszych członków kijowskiego stowarzyszenia Hromada (należeli do niego również Wołodymyr Antonowycz, Pawło Żytecki, Tadej Rylski i inni). Wkrótce przeciw Hromadzie wszczęto śledztwo. U Czubynskiego znaleziono ulotki w języku ukraińskim. Poeta, za „szkodliwe wpływanie na umysły prostych ludzi”, został skazany na przebywanie pod dozorem policyjnym w Archangielsku. Właśnie tej feralnej jesieni 1862 roku powstały słowa pieśni „Szcze ne wmerła Ukraina”, która stała się hymnem narodowym Ukrainy. Pierwowzorem dla tekstu były słowa Mazurka Dąbrowskiego, pieśni Legionów Polskich we Włoszech, napisanej przez Józefa Wybickiego, od 1927 roku oficjalnego hymnu Rzeczypospolitej PolskiejFeliks Koneczny Polskie Logos a Ethos, Poznań-Warszawa 1921, t.II.
W ciągu roku Czubynski trafił na wskazane miejsce, gdzie pracował najpierw jako badacz, potem sekretarz w urzędzie statystycznym, redaktor gubernialnej gazety, a w końcu urzędnik do specjalnych poruczeń przy gubernatorze.