18 listopada 1843 roku Peter Michal Bohúň rozpoczął studia na Akademii Sztuk Pięknych w Pradze. Jego nauczycielem został malarz historyczny Christian Ruben. W lutym 1844 roku umarł ojciec malarza, co pozbawiło Bohúňa środków finansowych potrzebnych do dalszej edukacji. Pomocy materialnej udzielił mu orawski szlachcic Michał Kubin jun. Bohúň podjął się wraz ze Svätoplukiem Presslem wspólnej pracy nad Słownikiem roślin, do którego wykonał litografie. Umiejętności litograficzne doskonalił równocześnie w pracowni Františka Širy.
W 1848 roku Peter Michal Bohúň organizował wiece i odczyty o charakterze patriotycznym. Uczestniczył w ten sposób w działaniach narodowych, które ogarnęły Europę Środkową pod nazwą „Wiosna Ludów”. Latem tego samego roku młody malarz poślubił Zofię Amalię Klankay’ową, córkę ziemianina z Łuczywnej na Spiszu i zamieszkał z nią w jej rodzinnym dworku.