Tryb życia Karczownik ziemnowodny kopie rozległe systemy nor z gniazdem i spiżarniami. Populacje mieszkające w oddaleniu od zbiorników wodnych i cieków większą część życia spędzają pod ziemią. Osobniki nadwodne konstruują gniazda z części trzcin. Układają je na wodzie lub zawieszają wśród roślin nadbrzeżnych. Karczownik ziemnowodny wykazuje aktywność głównie nocą. Prowadzi samotniczy tryb życia, jest zwierzęciem bardzo ostrożnym. Nie zapada w sen zimowy.
Rozmnażanie Okres godowy karczownika ziemnowodnego rozpoczyna się, w zależności od warunków atmosferycznych, w lutym bądź marcu i trwa przez całe lato, aż po początek zimy. Po ciąży trwającej 21 dni samice rodzą 2-4 lub 3-4 razy w ciągu roku, w miotach 6-8 lub 4-6 młodych. thumb|left|300px
Ekologia Karczownik ziemnowodny jest wszystkożercą. Żywi się zarówno pokarmem roślinnym, w tym podziemnymi częściami roślin, ale także małymi kręgowcami. Poluje na małe ryby, mięczaki i owady. Magazynuje zapasy pokarmu. Jest uznawany za szkodnika upraw rolniczych. Podgryza korzenie drzew owocowych i leśnych.