W czasie służby zdobył ponadto kwalifikacje oficera odpowiedzialnego za sprowadzanie samolotów na pokład lotniskowca (Landing Signals Officer). 1991–1993 – studiował w Podyplomowej Szkole Marynarki Wojennej (Naval Postgraduate School) w Monterey w Kalifornii, uzyskując magisterium w dziedzinie inżynierii lotniczej. Czerwiec 1994 – ukończył roczny kurs w Szkole Pilotów Doświadczalnych Marynarki Wojennej Stanów Zjednoczonych. 1994–1996 – służył jako pilot w doświadczalnej eskadrze samolotów szturmowych (Strike Aircraft Test Squadron), stacjonującej w bazie Patuxent River w stanie Maryland. Latał samolotami F/A-18 Hornet, A-6E Intruder i EA-6B Prowler. W 1996 – do momentu przyjęcia do korpusu astronautów NASA – był instruktorem w Szkole Pilotów Doświadczalnych Marynarki Wojennej, szkolił pilotów na samolotach: F/A-18 Hornet, T-38 Talon i T-2 Buckeye. 1 października 2011 – zakończył czynną służbę w US Navy. Swoją decyzję o przejściu w stan spoczynku uzasadnił koniecznością pomocy żonie w rehabilitacji po dokonanym zamachu na jej życie. Jako pilot wylatał ponad 5000 godzin za sterami przeszło 50 typów samolotów.