12 stycznia 1994 roku rozpoczęły się rozmowy pokojowe pomiędzy EZLN a rządem. 27 stycznia reprezentanci obu stron podpisali porozumienie o zawieszeniu broni i zwolnieniu jeńców. right|thumb|200px|Uzbrojony zapatysta w 1999 roku W lutym 1995 roku siły bezpieczeństwa podjęły się nieudanej próby schwytania dowódców EZLN. Operacja wywołała protesty społeczne – na ulice miast Chiapas wyszło 100 tysięcy zwolenników zapatystów. W marcu parlament Meksyku przyjął prawo, ułatwiające załagodzenie konfliktu i wznowienie rozmów z powstańcami. Powstała specjalna komisja, mająca wspierać proces pokojowy. Trwające miesiącami negocjacje były wielokrotnie zrywane i wznawiane.
W lutym 1996 roku przedstawiciele EZLN i rządu podpisali w San Andrés porozumienie przyznające Indianom autonomię. Postanowienia umowy nie zostały przez rząd zrealizowane, co doprowadziło do ponownego wybuchu walk. 22-23 grudnia 1997 roku wspierana przez rząd grupa paramilitarna zmasakrowała wieś Acteal. Zginęło 43-45 cywilów.