Inaczej wyglądała sytuacja w przypadku nauk dotyczących przestrzegania reguł Vinaji. Atiśa nie mógł mieć wpływu na tego rodzaju przekaz ponieważ należał do odłamu wyznającego zasady Lokottaravādy (jednej z wczesnych szkół, będącej częścią większej społeczności Mahasanghiki). Miała ona swój własny kodeks, różniący się znacznie od tzw. „wschodniego” kultywowanego w tym czasie w Tybecie i nawet bezpośredni, tybetańscy uczniowie pandity odmawiali słuchania jego wskazówek.
W tej sytuacji szczegółowe nauki dotyczyły głównie praktyk oczyszczających (Wylie: blo sbyong) w kontekście urzeczywistniania etycznych i ezoterycznych reguł buddyzmu. Miało to prowadzić praktykującego do znacznie lepszego zrozumienia własnego umysłu i osiągnięcia wglądu w nietrwałą naturę rzeczy (mthar thug). Znacznie mniej czasu poświęcano zagadnieniom teoretycznym kładąc szczególny nacisk na bezpośrednią relację nauczyciela z uczniem, co w założeniu zapewniało właściwe zrozumienie nauk i ustanowienie linii zapewniającej czystość przekazu.