Obszar Ogrodu Botanicznego podzielony jest na kilka działów: Kolekcje roślin tropikalnych – szklarnie Victoria – nazwa pochodzi od wiktorii królewskiej Victoria amazonica rosnącej w basenie Jubileuszowa – zbudowana z okazji jubileuszu 600-lecia Uniwersytetu Jagiellońskiego w 1964 r. Holenderka – nazwa oznacza typ szklarni Rośliny gruntowe Rośliny biblijne Arboretum Systematyka roślin Biologia roślin Rośliny chronione Alpinarium Rośliny lecznicze i inne użytkowe Rośliny ozdobne Rośliny wodne
Popiersia na terenie ogrodu Popiersie Józefa Warszewicza – autor Franciszek Wyspiański Popiersie Mariana Raciborskiego – autor Tadeusz Błotnicki Popiersie Władysława Szafera – autor Antoni Hajdecki.
Pomniki przyrody Wśród roślin w ogrodzie botanicznym i w szklarni 11 jest wpisanych na listę pomników przyrody w Krakowie (stan na 2022 rok). Są to: miłorząb dwuklapowy (dwa okazy), dąb węgierski, cypryśnik błotny, dereń jadalny (dwa okazy), metasekwoja chińska, dąb szypułkowy, daktylowiec kanaryjski, sagowiec podwinięty, stangeria dziwna.