1 września 1939 roku wyjechał do Warszawy, stamtąd do Lublina, później na Węgry, następnie do Jugosławii, gdzie do 1941 pracował w Komitecie ds. Uchodźców Polskich. Przez Cypr i Turcję dotarł do Palestyny i zamieszkał w Jerozolimie. Zajmował się tam działalnością malarską i literacką, m.in. wydał skróconą edycję „Berów i bojek” oraz szkice Śląska Ojczyzna. Był m.in. członkiem delegatury Rządu RP na uchodźstwie ds. opieki nad wychodźcamiEncyklopedia Powstań Śląskich. Opole: Instytut Śląski w Opolu, 1980, s. 273.. Pisał, prowadził audycje radiowe.

Po wojnie, we wrześniu 1946 powrócił do pracy w Radiu Katowice. Zorganizował „Czelodkę Radiową”, z którą występował m.in. w audycjach „U Karliczka brzmi pieśniczka” oraz „Przy sobocie po robocie”.

Od 1949 członek Związku Literatów Polskich.

Zmarł w Stalinogrodzie (obecnie Katowice) 17 marca 1954 roku. Jego pogrzeb stał się manifestacją dziesiątków tysięcy mieszkańców Górnego Śląska. Został pochowany na Cmentarzu przy ul. Sienkiewicza w Katowicach. mały|Grób Stanisława Ligonia na cmentarzu przy ul. Sienkiewicza w Katowicach W 1957 roku „Bery i bojki śląskie” doczekały się wydania książkowego.