Koronacji dokonano fałszywymi regaliami, gdyż prawdziwe znajdowały się w rękach Staufów.

Elekcja Ottona i jego koronacja wywołała wojnę domową z pretendującym do schedy po zmarłym bracie i wybranym wcześniej przez stronnictwo Staufów królem Filipem Szwabskim. Ażeby zażegnać spór i dwukrólewie Otton IV zwrócił się o pomoc do papieża Innocentego III. W 1201 r. w Neuss zagwarantowawszy przywileje kościoła uzyskał od papieża pełne poparcie. Nie udało mu się jednak pokonać opozycji wewnątrzpaństwowej. 27 lipca 1206 r. pokonany w bitwie pod Wassenbergiem zmuszony został do abdykacji. W zamian za zrzeczenie się praw do tronu miał uzyskać księstwo Szwabii i rękę córki Filipa Szwabskiego, Beatrycze Hohenstauf. Nagła śmierć Filipa Szwabskiego uratowała jego pozycję.

11 listopada 1208 r. we Frankfurcie powtórnie został wybrany królem niemieckim. W 1209 r. Otto IV udał się do Włoch i 4 października został w Rzymie koronowany na cesarza przez papieża Innocentego. Przygotowywał wyprawę celem podbicia Sycylii. Próbując ograniczyć władzę papieską popadł w konflikt z Innocentym III, który w 1210 r. go ekskomunikował. W Rzeszy wybuchła kolejna wojna domowa inspirowana polityką Staufów.