Z uwagi na niewielką moc silnika a8C22 i tylko jeden stopień bocznikowania silników trakcyjnych masa składu prowadzonego przez SP42 zasadniczo nie przekraczała 200 ton, przy zachowaniu zadowalających parametrów rozruchu.
Eksploatacja PKP/PKP Cargo Seria SP42 od początku eksploatacji stacjonowała m.in. w lokomotywowniach Grudziądz, Chojnice, Szczecin, Jelenia Góra, Nysa, Legnica. Najpopularniejszymi odcinkami codziennej eksploatacji spalinowozów SP42 były: Szczecinek-Chojnice-Tczew, Stargard Szczeciński-Kalisz Pom.-Wałcz-Piła, Laskowice-Grudziądz-Jabłonowo Pom., Lębork-Kartuzy, Racibórz-Głubczyce-Racławice Śl. Nysa-Opole/Brzeg, Jelenia Góra-Karpacz.
1 marca 1988 roku lokomotywa SP42-113 prowadząca pociąg pasażerski nr 7713 relacji Ostrów Wielkopolski - Leszno nie została zatrzymana przed semaforem wskazującym sygnał "stój", w wyniku czego doszło do czołowego zderzenia z drugą lokomotywą SP42-261. W wyniku wypadku z dniem 31 maja 1988 roku obie lokomotywy zostały skreślone ze stanu PKP, a następnie sprzedane ZNTK Bydgoszcz, a następnie po odbudowie przenumerowane na serię SM42 dla zakładu i prywatnego przewoźnika.
24 listopada 1991 roku lokomotywa SP42-081 uległa pożarowi, w wyniku nieopłacalności naprawy 29 stycznia 1992 roku pojazd został skreślony ze stanu, a następnie zezłomowany.