Od grudnia 1993 do marca 1995 pełnił funkcję prezesa Głównego Urzędu Ceł. W tym czasie prokurator prowadził śledztwo związane z jego interesami w „Polnipponie”. Pierwsza próba uchylenia immunitetu w czerwcu 1995 na wniosek prokuratora generalnego Włodzimierza Cimoszewicza nie powiodła się, przeciwko temu głosowali posłowie z SLD i Polskiego Stronnictwa Ludowego. Ostatecznie jego immunitet uchylono w listopadzie 1996, a sam zainteresowany poparł wniosek. W lutym 1998 wrocławska prokuratura oskarżyła go o popełnienie czterech przestępstw, m.in. o działanie na szkodę Głównego Urzędu Ceł i spółki „Polnippon”, której był prezesem. W wyborach parlamentarnych w 1997 Sojusz Lewicy Demokratycznej nie wystawił go na swoich listach. W nocy z 22 na 23 marca 2000 znaleziono go nieprzytomnego w jego biurze przy ul. Brackiej w Warszawie. W ciężkim stanie został przewieziony do szpitala Ministerstwa Obrony Narodowej, gdzie zmarł 29 kwietnia. Został pochowany na cmentarzu w Wilanowie.
Według ustaleń poczynionych w wyniku śledztwa było to samobójstwo, Ireneusz Sekuła strzelił sobie trzy razy w brzuch, raz nie trafiając. Ze względu na okoliczności śmierci wysuwano jednak różne hipotezy alternatywne.