Wspierał repatriantów z Rosji i Kazachstanu, organizował wysyłkę książek do Polaków żyjących w krajach dawnego Związku Radzieckiego.
Był inicjatorem wzniesienia Krzyża Katyńskiego na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach (31 lipca 1981), który to pomnik SB jeszcze tej samej nocy usunęła. Za swoją działalność niepodległościową był nieustannie nękany i szykanowany, otrzymywał listy i telefony z pogróżkami, bezpieka wielokrotnie podejmowała próby zastraszenia go, pobicia czy porwania.
Z nocy 20 na 21 stycznia 1989 roku został zamordowany przez „nieznanych sprawców” w swojej plebanii na Powązkach. W Zakładzie Medycyny Sądowej Akademii Medycznej stwierdzono szereg zewnętrznych obrażeń w okolicy twarzy i głowy oraz złamanie kręgosłupa szyjnego, mimo to ówczesne ministerstwo spraw wewnętrznych wykluczało morderstwo. Sprawę śmierci kapłana umorzono 2 października 1990 roku, przyjmując wersję o śmiertelnym upadku z fotela. O zabójstwo podejrzewano SB. Jan Olszewski w swoich pracach sugerował udział KGB w morderstwie.
W czasie obrad Okrągłego Stołu mecenas Władysław Siła-Nowicki poprosił o uczczenie zamordowanych kapłanów: Stefana Niedzielaka i Stanisława Suchowolca minutą ciszy. Telewizja Polska usunęła ten moment z transmisji na antenie ogólnopolskiejUjawniono kulisy strasznej śmierci duchownego, onet.pl.