10 grudnia 1896 pierwszą mszę św. w nowym kościele odprawił arcybiskup Popiel, a ks. kanonik Ignacy Durewicz poświęcił świątynię. W tym czasie trwały jeszcze prace przy wyposażaniu wnętrza. Konsekracja kościoła przez biskupa Ruszkiewicza miała miejsce w 1905 (a nie jak podaje tablica erekcyjna w 1896). W 1903 erygowano przy kościele parafię.
W listopadzie 1940 kościół znalazł się na terenie warszawskiego getta. Na terenie kościoła w okresie od lipca 1941, do rozpoczęcia w lipcu 1942 roku wielkiej akcji deportacyjnej, działał założony przez konwertytę Andrzeja Marka „Nowy Teatr Kameralny”. Mimo zamknięcia kościoła, przez dłuższy czas w domu parafialnym przebywali proboszcz ks. Franciszek Garncarek i wikariusz ks. Leon Więckowicz. Ks. Garncarek został zamordowany przez Niemców 20 grudnia 1943, zaś wikariusz ks. Leon Więckowicz został aresztowany 3 grudnia 1942, za pomoc udzielaną Żydom i zmarł 4 sierpnia 1944 w obozie koncentracyjnym Gross Rosen. Z chwilą likwidacji getta, w kościele utworzono magazyn, w którym składowano mienie zrabowane Żydom, następnie kościół sprofanowano i przekształcono na stajnięWirtualny Sztetl. W czasie powstania warszawskiego na wieży kościelnej usytuowany był punkt obserwacyjny i gniazdo niemieckiej broni maszynowej.